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第１話
明鏡医科大学付属病院に検査入院していた元総理の愛宕克己（山田明郷）が急死し、病理医の藤巻達臣は死因を調べるために愛宕の遺体を解剖する。そして、検査技師の久留米穂希（波瑠）が「殺されたのかもしれません」と言い出す。遺産相続をめぐって愛宕の愛人・安曇杏梨（倉科カナ）と揉めていた遺族が、杏梨による殺人事件ではないかと疑い、院内で騒いでいたというのだ。綿密に遺体を調べた藤巻は、右頸部に残っていた謎の黒ずみに着目し、採取した液状検体から、未知の球菌を発見する！しかも不可思議なことに、球菌は採取して1時間が経過した後、藤巻の目の前で突然消滅した。この球菌を悪用すれば、世界中の命を危機にさらすことになるかもしれない・・・。藤巻は理事長・奥野信二（坂東彌十郎）から秘密裏に許可を取り、新たな液状検体の採取に着手する。そんな中、院内では新たな患者の不審死が発生する・・・。
第２話
より良い医療を提供するために、闇深き医療界の頂点に立とうと決意した明鏡医科大学付属病院の心臓外科医・白鳥稔。病理医の藤巻達臣が発見した殺人球菌「ギフト」を悪用し、ライバルの奥野信二理事長を殺害する。これまで真犯人がギフトを使って命を奪った2人の患者同様、奥野は急性心不全と診断された。ところが、違和感を覚えた警視庁の元捜査一課刑事・神林育人が行政解剖を決断する。白鳥から殺人の証拠隠滅を命じられた藤巻は、良心の呵責に苛まれながらも、遺体の中にまだ残っているギフトを消滅させようとするのだが・・・。更に、白鳥から藤巻にさらなる指令が下る。奥野が殺された直後に藤巻が受け取った消印のない脅迫状をを書いた真犯人を特定しろ、というのだ。そんな中、奥野の死に疑念を抱いた検査技師・久留米穂希が藤巻に接近する。そして、再び不審な手紙が藤巻のもとへ届き・・・。さまざまな脅威に翻弄される藤巻の目の前で、新たな病院関係者がギフトの餌食となってしまう・・・。
第３話
明鏡医科大学付属病院では、病理医・藤巻達臣が発見した殺人球菌「ギフト」で命を落とす者が相次いでいた。そんな中、藤巻が秘密裏に培養していたギフトを悪用して奥野信二理事長を殺し、その座をかすめ取った心臓外科医・白鳥稔が、真相に気づいた病理医・伊集院薫の命をも奪った！医療界を浄化するためなら、非道な行為もいとわない白鳥に、強い反感を抱く藤巻だが、妻・麻帆の命を救うためには、主治医である白鳥に従わざるを得ない。そんな藤巻に、同期の心臓外科医・郡司博光が、驚愕の情報を提供する。医学系大学連合会議の議長の座を狙う白鳥が次にターゲットとするのは、一番のライバルである悪名高き副議長・大泉篤。白鳥は、週末に大泉から軽井沢の別荘に招待されており、そこで大泉を殺そうとしているかもしれないというのだ！2人で命を救おうと言われ、共に軽井沢へ向かうのだが・・・。その頃、警視庁の元捜査一課刑事・神林育人は伊集院の死に疑念を抱き、捜査を強化する。更に、ギフトの培養を手伝う検査技師・久留米穂希が、藤巻に衝撃の告白をし・・・。
第４話
明鏡医科大学付属病院の病理医・藤巻達臣が発見した殺人球菌「ギフト」を使った連続殺人に執拗なまでの興味を示す検査技師・久留米穂希。彼女の「藤巻先生が好きだから、放っておけないんです」という告白に、藤巻は戸惑いを隠せないが、そこには意外な真相が隠されていて・・・。一方、「ギフト」を悪用して邪魔者を次々と殺害し、権力の階段を上り続ける新理事長・白鳥稔は、藤巻と心臓外科医の郡司博光を教授に任命する。大学病院の改革にも着手し、より良い医療を実現していく白鳥。そんな中、藤巻のもとに、白鳥と郡司から悪報がもたらされる。政財界の大物が3人が、立て続けに急性心不全で死亡したというのだ。しかも、その原因はほかならぬ「ギフト」で・・・。そんな中、藤巻が培養していたギフトが、何者かによって盗み出されていたことが判明！この想定外の事件がやがて、新たな闇の扉を開いてしまう・・・。
第５話
殺人球菌「ギフト」を盗み、密売した事務長・本坊巧。心臓外科医・郡司博光は、これまで忠誠を誓ってきた新理事長・白鳥稔に「ギフト」でとどめを刺し、その後釜に座るという裏切りを企てる。郡司は、会員制ラウンジの謎多きオーナー・安曇杏梨の協力を得て、さらなる暗躍を開始し・・・。郡司から新たな「ギフト」の培養を命じられた藤巻はためらうが、明鏡医大に入院中の妻・藤巻麻帆の命を狙う準備はできているト言われ・・・。医師として、夫として葛藤を重ねた末、藤巻は麻帆を転院させようと考えるが、事は思うように進まず・・・。そんな中、杏梨に狂信的な片想いをする本坊は、彼女の本命が郡司だと知って一念発起。共闘関係にある藤巻と検査技師・久留米穂希に、郡司の不倫相手を見つけ、そのネタを切り札に反逆しようと持ちかける！やがて妻の命を守るため起死回生の一手に出る藤巻・・・。しかし、藤巻の行く手に待ち受けていたのは、目の前が真っ暗になる悲劇の数々・・・。そして彼を奈落の底に突き落とす妻の裏切り・・・！
第６話
明鏡医科大学付属病院の新理事長・白鳥稔は、病理医・藤巻達臣に培養させた殺人球菌「ギフト」を使って邪魔者の命を奪い続ける。心臓外科医・郡司博光の裏切り計画もお見通しだった白鳥は、それに関わった事務長・本坊巧と会員制ラウンジのオーナー・安曇杏梨、そして藤巻や久留米穂希も制圧！そして、医学系大学連合会議の議長選で勝利するための裏金を作るため、杏梨が持つ闇ルートでギフトを売りさばくと宣言する。更に、藤巻の忠誠心を疑い始めた白鳥は、妻・麻帆にギフトを贈ると脅迫。必死に守ろうとしてきた麻帆に裏切られ、離婚まで切り出された藤巻は、何を考えたか、今後は自らの意志でギフトを作ると宣言し、白鳥にとんでもない交換条件を出す・・・。そんな中、「すべてを終わらせる」と決意した藤巻は、ギフトによる連続不審死を捜査する警視庁の元刑事・神林育人に、事件の全貌を密告！白鳥を逮捕するために不可欠な確たる証拠を手に入れようと奔走し・・・絶好のチャンスが到来する。ギフトの闇取引の日時が決定し、ここで一気に幕引きを図ろうと、藤巻たちは白鳥に罠を仕掛ける。そして、ついに真犯人が登場・・・！？
第７話
明鏡医科大学付属病院内のみならず、院外にも波及し始めた連続殺人事件に使われた殺人球菌「ギフト」の創造者だと名乗る正体不明の真犯人が、ついに動き出した！ 真犯人は、ギフトを発見し培養してきた病理医・藤巻達臣に電話で接触し、新理事長・白鳥稔が企てる「ギフト」の密売を即刻中止するよう要求する。そして、見せしめとして、明鏡医大の入院患者をまたひとり殺してしまった・・・。しかも、真犯人は新たな殺人に使った球菌を「オクトセブン」と呼び、「ギフトには大きな欠点がある」と言う。藤巻は、今回使われたギフトとは異なるかもしれない球菌を遺体から検出する。検査技師・久留米穂希と共に水面下で「オクトセブン」の培養および研究を開始するが、やがて想像を絶する異変が起こり・・・！一方、娘の命を守るため、白鳥と手を組む警視庁の元刑事・神林育人は、真犯人探しに奔走。ギフトの最初の被害者となった元総理と深い関係を持つ「国立生命理工学研究所」の元職員が、明鏡医大に在籍していることを突き止めるの・・・。時を同じくして、心臓外科医・郡司博光と不倫関係にある藤巻の妻・麻帆に、郡司の妻・佳澄が牙をむき始める！誰もが怪しい動きを見せる中、事態は刻一刻とあらぬ方向へと急展開し、ついに真犯人の正体が明らかに！？藤巻がかつてないほど取り乱す驚愕の新事実が判明する・・・。
第８話
明鏡医科大学付属病院やその周辺で起こった連続殺人に使われた殺人球菌「ギフト」の正体は、かつて国立生命理工学研究所で密かに誕生した球菌「オクトセブン」だった。それは明鏡医科大学付属病院に所属する検査技師・久留米穂希が偶然生み出したものだった！しかし、久留米は明鏡医大に球菌を持ち込んだ真犯人は、自分ではないと主張する。久留米の告白や推理を聞いてもなお、白鳥は密かに彼女が真犯人だと疑い続けていた・・・。そして白鳥は、久留米と共闘関係を結んでギフトを培養してきた病理医・藤巻達臣に、味方のふりをして改良型オクトセブンの出処を探るよう命令する。久留米の無実を信じる藤巻は、何としても真犯人の正体を突き止めようとするが、久留米はそんな藤巻を、秘密の場所へ案内し・・・！？その頃白鳥は、藤巻と久留米にギフトを贈ろうと計画するが、手持ちのギフトは１本しか残っていない。そこで白鳥は、新たな培養者として検査技師・奈良茉莉に白羽の矢を立てるが・・・。事務長の本坊巧や心臓外科医の郡司博光らも意を決し、これまで忠誠を誓ってきた白鳥に反旗を翻すべく結託し・・・。そんな中、真犯人が姿を現す・・・。
第９話 最終回
明鏡医科大学付属病院に殺人球菌「ギフト」を持ち込み、数々の殺人事件を誘発してきた真犯人の正体を暴くべく戦い続ける病理医・藤巻と検査技師・久留米。かつて藤巻の妻・麻帆が、ギフトが誕生した国立生命理工学研究所で、働いていたことが発覚する。突如浮上した新疑惑に狼狽する藤巻だが、真相を明らかにするため、久留米と共に麻帆のもとへ！その頃、心臓外科医の郡司を次の理事長にしようと野望をたぎらせる妻・佳澄。そして彼女と共同戦線を張る事務長の本坊は、郡司にギフトの細胞株を精製させることに成功。ギフトを使って邪魔者たちの命を奪い、恐怖支配を行ってきた理事長・白鳥に、ギフトを飲ませて殺す復讐計画を実行に移し・・・！絶体絶命の危機に瀕する白鳥。その頃、白鳥と手を組んだ真犯人は、藤巻、久留米、郡司、本坊を自らの陣営に引き込もうと画策！事態は二転三転する未曾有の局面へと発展し・・・。そんな中、藤巻と久留米は自らの手の内にあるギフトの特効薬を武器に、真犯人に宣戦布告！もう誰一人、犠牲者は出さない・・・不退転の覚悟で最後の戦いに挑む藤巻と久留米が、ついに真犯人の正体をあぶり出す・・・。
（テレビ朝日「グレイトギフト」より）
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