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天才外科医・藤木圭介（成田凌）。
彼の手にかかれば不可能な手術などはない。
そんな天才外科医が恋人殺しの濡れ衣を着せられ指名手配犯へと転落する。
愛する恋人を殺した真犯人を突き止め、復讐するために金も地位も名前も捨てて決死の逃亡を図る。
迫り来る追手・・・。
しかし逃亡先で医師を必要とする弱者の存在があれば、その命を救うために彼は動く。
「復讐に燃える殺された恋人の兄」と「国家権力」が執拗に追って来る。
そして事件の裏側で暗躍する敵・・・。
彼らの目を欺きながら目の前で苦しむ人々を限られた設備と道具を駆使して救っていく、天才外科医のサバイバル・ドクター・エンターテインメント！
第１話
天才脳外科医の藤木圭介は、突然研究医の恋人・八神妙子を殺され、容疑者として指名手配されてしまう。事件の真相を明らかにし、濡れ衣を晴らすために逃亡し、海洋観測船「第一海風丸」に潜伏する藤木。その海洋観測船「第一海風丸」で出会った新米海洋観測士の沢井美香子（森七菜）が、不慮の事故に巻き込まれ、利き腕に大怪我を負ってしまう。妹を殺され復讐に燃える兄・八神拓郎（松岡昌宏）と警察が、海洋観測船「第一海風丸」に迫る中、藤木は目の前で苦しむ美香子を置いて逃げられるのか！？
第２話
藤木は逃亡中の雪山で滑落し、地元の少年・健太（白髭善）に発見される。山麓の喫茶店店主・香川（升毅）の車に乗せられ、病院へ運ばれるが、身元が明らかになることを恐れ、診察を拒む。そこに現れたのは、藤木の冤罪を信じる沢井美香子だった。美香子は、藤木の地図情報を頼りに、力になりたいと駆けつけたのだ。そして香川は二人に喫茶店の２階を仮住まいとして提供する。そんな中、藤木は、香川の店に荷物を預けている登山客の中に都波（酒向芳）の名前を見つける。都波は、亡き恋人・妙子（桜庭ななみ）の共同研究者で、事件の鍵を握る人物だった。
第３話
湯田中の街では、逃亡を続ける藤木を拓郎や筋川（和田聰宏）が嗅ぎ回っていた。そんな中、藤木から香川の店にいる美香子に連絡が入る。藤木と落ち合った美香子は、スマホを渡す。藤木は、都波教授が店に現れたら、自分に連絡して欲しいと告げ、再び姿を消す・・・。しかし、美香子が香川の店に戻ると、そこにはなぜか藤木の姿が！美香子から香川が作った弁当を渡されていた藤木は、味に違和感を感じ店に戻って来たのだ。藤木は、香川が味覚障害と聴覚障害を同時に引き起こしていることを疑っていた。藤木の予想通り、脳腫瘍の一種である聴神経腫瘍を患っていて、料理人として味覚障害が治らないことを恐れ、これ以上の治療を拒否していた。
第４話
拓郎は、藤木の頭を川に沈め、妙子を殺した事を吐かせようとする。しかし、医者ならではの裏技で、拓郎の元から逃げ出した藤木だが、スマホの入った上着を拓郎に剥ぎ取られてしまう。一方、警察の捜査本部では、結婚式場から藤木を連れ出した拓郎の映像を見て、協力者がいるという推理が立てられていた。そんな中、拓郎は藤木のスマホを手掛かりに、美香子の前に現れる。拓郎が藤木を装って送ったメールを信じた美香子は、すっかり拓郎を信用する。その頃、後輩の長谷川から都波教授が東京に戻るという情報を得た藤木は、駐車場に停まっていたトラックの荷台に忍び込む。
第５話
藤木は犬の命を救った後、なんとか八王子にたどり着く。長谷川に連絡して都波教授が参加するシンポジウムが２日後に帝都医大で開かれることを聞く。それまでの間、身を隠す場所を探していた藤木は、廃墟となった団地を見つける。団地の一角でひそかに営業する外国人向けの食料品店で食料を買い、公園のベンチで眠ってしまう。食料品店から後をつけてきた女性・チュンヤンがカバンを盗もうとするが、藤木は目を覚まし、チュンヤンの足にチアノーゼが出ていることに気付く。藤木が診察しようとするが、チュンヤンは逃亡。後を追いかけると、仲間の外国人たちに囲まれる・・・。
第６話
藤木は妙子の言葉に従って都波に会いに行った。しかし、美香子と都波が拓郎と共に行動していたため、一旦外国人労働者が暮らす廃団地に戻ることにする。その頃廃団地では、別棟に住む日本人ホームレスたちによる外国人労働者への嫌がらせが激化していた。一方、藤木は妙子が烏丸に託したという謎のカセットテープのある部分が気になっていた。廃団地に現れた烏丸にもカセットテープについて質問を投げかけるが・・・。その烏丸を尾行してきた美香子、都波、拓郎。そして拓郎は、廃団地を正面突破しようとするが、外国人労働者たちによって拘束される。
第７話
廃団地で外国人労働者とホームレスの日本人たちが騒ぎを起こした。現場に駆けつけた警察官をホームレスたちはなだめようとするが、外国人労働者たちが応戦してしまい、警察官は応援を要請。藤木と拓郎は、脱出する手段について考えを巡らせる。しかし、我を失ったホームレスのノムさんが藤木を突き飛ばし、藤木のお腹に鉄筋が突き刺さってしまった！パトカーが廃団地を取り囲む中、藤木は自らの傷を手術することになる。拓郎は刑事の筋川から時間稼ぎの方法を聞き出し、立てこもり犯を演じることになる美香子。一方、事件の鍵を握る研究データを手に入れた幹は、昏睡状態の妙子を焼却処分しようとするが、そのデータは不完全だったことが判明・・・。
第８話
藤木は、筋川の自宅で妙子の遺骨と対面するが、立ち止まっている暇はないと次の行動を開始する。藤木と拓郎は、長谷川から情報を探ろうと、彼の妻・浩子に会いに行ったのだが、妊娠中の彼女に何も言い出せなかった。一方、美香子は、都波が言い遺した「マメノサカ」について調べ、それが古書店の名前だと突き止める。そして、古書店で都波が取り置きしていた本から「DDSη」の研究データと研究日誌を手に入れる。妙子がカセットテープに残したデータの復元に成功し「DDSη」のデータは完全なものになった。同じ頃、長谷川は佐々木と手を切りたいと考えていたが、難病に侵された浩子を救うためには佐々木の協力が不可欠だ・・・。
第９話
烏丸の「妙子が生きている」という言葉に、藤木、拓郎、美香子は動揺する。しかも、妙子が開発した「DDSη」と、佐々木が開発した新薬「ガイスト」を併用しなければ、妙子を救うことはできないという。そして、佐々木と妙子は、死の危険を伴う副作用を持つ「ガイスト」の臨床試験を巡って、対立していたことを聞かされる。藤木は長谷川を筋川のアパートに呼び出し、妙子奪還作戦を練る。そして、妙子を奪い返すために、藤木は正面突破で佐々木に会いに行くことを決意。「ガイスト」を無毒化する方法に気付いたと佐々木に揺さぶりをかけ、「ガイスト」の提供を交渉する。
最終話
藤木たちは、治療を終えた妙子を「バイオネオ」から奪還に成功したが、妙子の意識はいまだに戻らない。そして、佐々木は藤木たちを捕まえようとしていた。一方、藤木たちに、筋川から留置所で長谷川が殺されたと連絡が入る。美香子は、筋川と共に長谷川の妻・浩子に会いに行き、長谷川が遺したUSBを発見。USBのデータは、佐々木が秘密裏に行った違法な臨床試験に関係があると烏丸は推理する。そんな中、ついに妙子が目覚めた・・・！そして、佐々木は長谷川を殺したことで逃亡せざるを得ない状況となっていた。ついに、追い詰められた佐々木との最終対決。逃亡の果てに掴んだ、驚愕の真実とは！？
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（日本テレビ、土曜ドラマ「逃亡医 F」より）
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